Lorsqu’une parcelle est inondée, l’eau du sol est saturée et chasse l’air, l’oxygène alors contenu dans la macroporosité du sol remonte à la surface, il n’y a donc plus suffisamment d’oxygène pour maintenir une fonction normale des racines de la vigne. On parle alors d’hypoxie ou d’anoxie dans les cas les plus graves.
La vigne peut se mettre en condition de fermentation anaérobie, qui est bien moins efficiente que la respiration et utiliser ses réserves. Elle peut alors produire du lactate et plus tard de l’éthanol. La réponse de la vigne à un manque d’oxygène dans le sol est l’augmentation de la résistance stomatique, une diminution de la photosynthèse et de l’accumulation de photoassimilats. Dans le cas d’une hypoxie ou d’une anoxie, l’énergie des racines n’est pas suffisante pour supporter les processus physiologiques nécessaires au fonctionnement des jeunes pousses. L’inhibition de la respiration est accompagnée par l’augmentation des molécules ROS (reactive oxygen species), ce qui bloque les aquaporines des cellules. La vigne devient moins perméable à l’eau.
Les mouvements d’eau et d’air qui se font dans le sol suite à une inondation peuvent donner lieu à différentes réactions de la vigne selon le niveau de tolérance de son porte-greffe. Le porte-greffe Riparia par exemple, est capable de supporter une inondation quelques jours, ce qui n’est pas le cas du porte-greffe Rupestris. Lorsqu’une vigne est inondée ou en condition d’air saturé en humidité, elle peut alors développer des racines dans la partie aérienne.
Formation de racines aériennes lors d'une inondation.