Bien que la fermentation indigène soit réalisable dans toute situation, elle n’est pas sans risques (arrêt de fermentation, production d’acidité volatile, de réduction, d’acétate d’éthyle, etc). Dans le cas de raisins touchés par le Botrytis, il vaut mieux contrôler son milieu. Un test de laccase peut être réalisé sur moût afin d‘évaluer le risque.
Dans tous les cas, lors d’une fermentation indigène, faire un pied de cuve est une possibilité en ramassant un peu de raisin avant le départ des vendanges afin de lancer une fermentation et de pouvoir ajouter ces premiers jus à la cuve au moment où on souhaite démarrer la fermentation. Cela permet d’avoir un départ franc et avec moins de risques.
Lorsque les vendanges sont bien avancées, il est envisageable d’utiliser du moût issu d’une autre cuve déjà en fermentation. Attention aux contaminations croisées de Brettanomyces bruxellensis.